Das Pelizaeus-Gymnasium trägt den Namen seiner Gründerin Johanna Pelizaeus. In Rietberg geboren, erhielt sie als junge Lehrerin 1859 mit Unterstützung kirchlicher Kreise die Genehmigung, in Paderborn eine private katholische "höhere Töchterschule" mit Internat zu errichten, und zwar für Mädchen über 14 Jahre, für die es bis zu diesem Zeitpunkt keine weiterführende Bildungseinrichtung in Paderborn gab. Die pädagogische Orientierung der Gründerin war den Ideen des Schulreformers Bernhard Overberg, und später wohl auch dem Geiste Helene Langes, der Lehrerin und Vorkämpferin der deutschen Frauenbewegung, verpflichtet. Aus kleinen Anfängen heraus entwickelte sich die Schule zu einer lebensfähigen Anstalt, die sich fast 50 Jahre lang als Privatschule im alleinigen Besitz der Gründerin befand und dann - bis zu ihrer Verstaatlichung im Jahre 1929 - von einer privaten Trägergesellschaft geführt wurde. Zur Schule gehörten zeitweise ein eigenes Lehrerinnenseminar, eine "Frauenschule" und die Abteilung "technische Kurse" für die Lehrerinnenausbildung in Hauswirschaft, Handarbeit und Turnen. Bis 1974 war das Pelizaeus-Gymnasium in seinem Hauptzweig ein "Staatliches Neusprachliches Mädchengymnasium". Daneben bestanden eine "Frauenoberschule" (mit hauswirtschaftlichem Schwerpunkt, von 1930 bis 1974) und ein "pädagogisch-musischer" Zweig (von 1965 bis 1974). Seit 1974 wird die Schule als Gymnasium der Stadt Paderborn für Jungen und Mädchen geführt und ist heute das größte der sechs Gymnasien Paderborns. Die Tradition der Schule spiegelt sich noch heute in ihrem Fächerangebot wider.